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相比於純電池車，燃料電池車也可以像傳統燃油車一樣，在加氣站迅速加滿氫氣燃料而不需要慢慢地等電池充滿；同時，只要氣罐的容積足夠大，耐壓標準足夠高，燃料電池儲滿高壓氫氣一口氣跑500公里以上都不是問題；此外，相比於電池車在達到使用年限後，在眼下還沒有找到出路的電池回收問題，燃料電池技術卻可以保證整個系統的回收再利用。不過、既然燃料電池有這麼多的好處，那為什麼沒有大行其道呢？這其中一定有緣由？
1、現階段燃料電池系統技術複雜，體積較大。
在燃料電池中，質子交換膜和基板是燃料電池的兩個核心組成部分（這兩個零部件直接決定了燃料電池的壽命），由於燃料氫氣需要依靠這兩個部分來發生化學反應，生產出驅動電機的「電子」，這就意味著燃料電池從開始工作到順利生產出「電」來，中間存在一個時間遲滯（目前國產的燃料電池，可以把這個滯後控制在10秒左右），考慮到車輛不可能在踩下油門踏板10秒鐘之後才起步，所以燃料電池車必須像電動車一樣，搭載一塊相對小一點兒的儲能電池。
2、燃料電池的製造成本在逐步降低，但依然很高。
由於燃料電池對貴重金屬（鉑金）的需求較高，且國內能生產燃料電池兩個核心組成部分的企業很少（國內只有山東東嶽實現了質子交換膜的關鍵技術突破，國際上有3m和杜邦等公司可以生產高標準的膜產品），所以從國際和國內兩個角度來講，現階段燃料電池的製造成本降不下來，直接導致燃料電池的發電成本也居高不下。
3、眼下國內缺少適宜乘用車使用的燃料電池技術。
對燃料電池來說，根據基板材質的不同，可以分為幾個不同的種類。
碳基復合板——以碳為主要材質做成的基板，此類基板組成的燃料電池（下圖）有穩定、導電導熱性好的特點，但由於碳基板相對較厚（為保證強度），所以相應的燃料電池組尺寸也同步增大，這就導致了能量密度的降低，使這類基板組成的燃料電池系統，只能用於一些對體積要求不高的商用車（客車或貨車）。
金屬復合板——以金屬材質構構成的基板，具有強度高，單片薄和低溫啟動速度快的特點，這就允許燃料電池組更易實現輕量化，更高的能量密度（比碳基板提高至少50%）和反應速度。但是由於金屬復合板在燃料電池的工作環境中不耐腐蝕，壽命短，發熱穩定性不好，工作時表面電阻大，所以以金屬復合板構成的燃料電池系統對技術的要求更高。
鈦板——用金屬鈦製成的燃料電池基板，融合了以上碳復合基板和金屬復合板燃料電池的諸多優點，但唯獨在成本這一方面上做不到喜大普奔，所以用鈦板打造的燃料電池系統，只能用在不差錢的行業上，比如驅動一架造價不菲的無人機（絕非大疆之流）。
眼下，豐田和本田給自己燃料電池車使用的燃料電池組均屬於金屬復合板，而國內此類燃料電池系統的生產工藝、成本控制和性能方面，與這兩個日系品牌的產品還存在不小的差距，所以目前國內相對較為成熟的燃料電池系統（碳基復合板為主），都只能應用在一些大型商用車上，而少有給乘用車使用的燃料電池組。不過車雲菌在此次燃料電池會議上得知，國內像氫鏷這樣在燃料電池領域居於技術前沿的公司，有望在未來幾年生產出具有競爭力的金屬復合板燃料電池。
4、氫氣的製取和運輸都是難題。
任何一種能源能被社會廣泛接受，從人性的層面來說，都是「產業鏈成本」的勝利，化石燃料能大行其道，是其在勘探、開採、提煉、運輸、消費和使用層面的綜合成本達到了「業內最低」，因此，想討論燃料電池的可行性，就必須系統性的討論它的系統成本。
雖然燃料電池在使用層面的環保成本很低，但燃料氫氣的製取卻是橫亘在我們眼前的一座大山。雖然我們可以通過煤制氫、化工制氫、水電和風電制氫這些「邊際辦法」來獲得一部分氫氣，可一旦燃料電池系統（車）在社會中的使用量達到一定量級，大工業化制氫是唯一的解決辦法。可一旦我們為了氫氣而制氫，那麼相比於化石燃料來說，燃料電池產業的系統成本是不是還具有優勢，我們就不得而知了。
此外，氫氣的運輸和保存，是個必須要認真研究的問題。就一輛氫燃料電池車來說，眼下我國對氫氣罐制定的國標是35兆帕標準，這個壓力標準對燃料電池組來說並不能幫助後者獲得具有競爭力的續航能力（能量密度），但是更進一步的70兆帕國標，目前還是空白。
此外，氫氣是一種非常特別的氣體，第一是因為它的易燃性：在空氣中，只要氫氣的體積濃度介於4.1%～74.2%之間，這時就可能會發生爆炸，所以氫氣在運輸和加註過程中，對泄漏的控制肯定要比汽油嚴格得多，這就意味著加氫站不能像充電樁那樣建好就不用管了，而必須有專人照看和維護。
5、國內燃料電池車的未來在哪裡。
說句不大客氣的話，如果沒有政策補貼存在的話，國內的燃料電池研究和電動車研發，可能都要晚很多年才會出現。
根據眼下政策補貼策略和國內燃料電池技術的特點，若干年內國內推進燃料電池商用車的示範應用還是可行的，因為一來這樣燃料電池汽車的生態閉環可以限定在一個很小的範圍內「試運行」，政策補貼在這個小圈子內也可以發揮最大的效果，且預料之外的特殊情況比較少。
從長久來看，燃料電池乘用車產業，將會遇到比電動車更為直接的「先有雞還是先有蛋」的問題——燃料電池車的加氫設備相比於汽油車的加油設備和電動車的充電樁來說，對操作人員技術水平和設備工藝的要求都高，因此加氫站的運營商更樂意看到燃料電池車達到一定數量之後才肯投入，而對於燃料電池車的消費者來說，肯定是周圍生活區域內存在可以使用的加氫站之後，才會考慮買燃料電池車。
因此，想解決這個「先有站還是先有車」的兩難問題，在未來行政手段和產業鏈的市場運作是必不可少的兩把推手；當然，貫穿其中的，必須是越來越低的燃料電池全產業鏈成本（包含制氫和使用成本）。只有不斷降低的綜合成本，才有可能讓這個產業在傳統化石燃料和純電動技術中間，穩固住自己的陣地。
1、現階段燃料電池系統技術複雜，體積較大。
在燃料電池中，質子交換膜和基板是燃料電池的兩個核心組成部分（這兩個零部件直接決定了燃料電池的壽命），由於燃料氫氣需要依靠這兩個部分來發生化學反應，生產出驅動電機的「電子」，這就意味著燃料電池從開始工作到順利生產出「電」來，中間存在一個時間遲滯（目前國產的燃料電池，可以把這個滯後控制在10秒左右），考慮到車輛不可能在踩下油門踏板10秒鐘之後才起步，所以燃料電池車必須像電動車一樣，搭載一塊相對小一點兒的儲能電池。
2、燃料電池的製造成本在逐步降低，但依然很高。
由於燃料電池對貴重金屬（鉑金）的需求較高，且國內能生產燃料電池兩個核心組成部分的企業很少（國內只有山東東嶽實現了質子交換膜的關鍵技術突破，國際上有3m和杜邦等公司可以生產高標準的膜產品），所以從國際和國內兩個角度來講，現階段燃料電池的製造成本降不下來，直接導致燃料電池的發電成本也居高不下。
3、眼下國內缺少適宜乘用車使用的燃料電池技術。
對燃料電池來說，根據基板材質的不同，可以分為幾個不同的種類。
碳基復合板——以碳為主要材質做成的基板，此類基板組成的燃料電池（下圖）有穩定、導電導熱性好的特點，但由於碳基板相對較厚（為保證強度），所以相應的燃料電池組尺寸也同步增大，這就導致了能量密度的降低，使這類基板組成的燃料電池系統，只能用於一些對體積要求不高的商用車（客車或貨車）。
金屬復合板——以金屬材質構構成的基板，具有強度高，單片薄和低溫啟動速度快的特點，這就允許燃料電池組更易實現輕量化，更高的能量密度（比碳基板提高至少50%）和反應速度。但是由於金屬復合板在燃料電池的工作環境中不耐腐蝕，壽命短，發熱穩定性不好，工作時表面電阻大，所以以金屬復合板構成的燃料電池系統對技術的要求更高。
鈦板——用金屬鈦製成的燃料電池基板，融合了以上碳復合基板和金屬復合板燃料電池的諸多優點，但唯獨在成本這一方面上做不到喜大普奔，所以用鈦板打造的燃料電池系統，只能用在不差錢的行業上，比如驅動一架造價不菲的無人機（絕非大疆之流）。
眼下，豐田和本田給自己燃料電池車使用的燃料電池組均屬於金屬復合板，而國內此類燃料電池系統的生產工藝、成本控制和性能方面，與這兩個日系品牌的產品還存在不小的差距，所以目前國內相對較為成熟的燃料電池系統（碳基復合板為主），都只能應用在一些大型商用車上，而少有給乘用車使用的燃料電池組。不過車雲菌在此次燃料電池會議上得知，國內像氫鏷這樣在燃料電池領域居於技術前沿的公司，有望在未來幾年生產出具有競爭力的金屬復合板燃料電池。
4、氫氣的製取和運輸都是難題。
任何一種能源能被社會廣泛接受，從人性的層面來說，都是「產業鏈成本」的勝利，化石燃料能大行其道，是其在勘探、開採、提煉、運輸、消費和使用層面的綜合成本達到了「業內最低」，因此，想討論燃料電池的可行性，就必須系統性的討論它的系統成本。
雖然燃料電池在使用層面的環保成本很低，但燃料氫氣的製取卻是橫亘在我們眼前的一座大山。雖然我們可以通過煤制氫、化工制氫、水電和風電制氫這些「邊際辦法」來獲得一部分氫氣，可一旦燃料電池系統（車）在社會中的使用量達到一定量級，大工業化制氫是唯一的解決辦法。可一旦我們為了氫氣而制氫，那麼相比於化石燃料來說，燃料電池產業的系統成本是不是還具有優勢，我們就不得而知了。
此外，氫氣的運輸和保存，是個必須要認真研究的問題。就一輛氫燃料電池車來說，眼下我國對氫氣罐制定的國標是35兆帕標準，這個壓力標準對燃料電池組來說並不能幫助後者獲得具有競爭力的續航能力（能量密度），但是更進一步的70兆帕國標，目前還是空白。
此外，氫氣是一種非常特別的氣體，第一是因為它的易燃性：在空氣中，只要氫氣的體積濃度介於4.1%～74.2%之間，這時就可能會發生爆炸，所以氫氣在運輸和加註過程中，對泄漏的控制肯定要比汽油嚴格得多，這就意味著加氫站不能像充電樁那樣建好就不用管了，而必須有專人照看和維護。
5、國內燃料電池車的未來在哪裡。
說句不大客氣的話，如果沒有政策補貼存在的話，國內的燃料電池研究和電動車研發，可能都要晚很多年才會出現。
根據眼下政策補貼策略和國內燃料電池技術的特點，若干年內國內推進燃料電池商用車的示範應用還是可行的，因為一來這樣燃料電池汽車的生態閉環可以限定在一個很小的範圍內「試運行」，政策補貼在這個小圈子內也可以發揮最大的效果，且預料之外的特殊情況比較少。
從長久來看，燃料電池乘用車產業，將會遇到比電動車更為直接的「先有雞還是先有蛋」的問題——燃料電池車的加氫設備相比於汽油車的加油設備和電動車的充電樁來說，對操作人員技術水平和設備工藝的要求都高，因此加氫站的運營商更樂意看到燃料電池車達到一定數量之後才肯投入，而對於燃料電池車的消費者來說，肯定是周圍生活區域內存在可以使用的加氫站之後，才會考慮買燃料電池車。
因此，想解決這個「先有站還是先有車」的兩難問題，在未來行政手段和產業鏈的市場運作是必不可少的兩把推手；當然，貫穿其中的，必須是越來越低的燃料電池全產業鏈成本（包含制氫和使用成本）。只有不斷降低的綜合成本，才有可能讓這個產業在傳統化石燃料和純電動技術中間，穩固住自己的陣地。