南宋末年，蒙古鐵騎兵出蕭關，經六盤集結臨洮，其後兵分兩路，遠征大理。大理孝義帝段興智尚當幼齡，被四大家臣救出，輾轉隱居於西域崑崙。
歐陽九祖上本為南宋五絕之一西毒歐陽鋒的管家，因其精明強幹，甚得歐陽鋒歡心，並且學到了三成蛤蟆功的功夫，然而歐陽鋒死後，由於白駝山被明教占據並改名光明頂，歐陽九的祖上一時流離失所，無以為生，只得開始做些沒本錢的買賣，以至淪落於黑道。
一次，歐陽九夜入武林大豪之家，竟被擊成重傷，奄然待斃，棄之野外，恰逢段子羽的父親經過，心生不忍，遂以家傳一陽指為其療傷治癒。歐陽九感恩圖報，便投身段家為仆。
段子羽之父因為歐陽九療傷，以至元氣大傷，需五年方得復元，豈料四年頭上，段家仇敵來犯，段子羽父母雙雙罹難。
歐陽九深知慷慨殉主容易，救孤撫孤艱難，於是帶著段家傳世玉璽，抱著尚在襁褓之中的段子羽突圍而出，東躲西藏，苟且度日，以延續段氏一脈香火，其中甘苦更是難以盡言。
歐陽九認為段子羽乃帝王之後，若無金銀之物傍身，未免寒酸，於是重操舊業，四處偷盜，以供花銷。
段子羽十二歲這年，歐陽九想到段子羽家傳武學已絕，自己的功夫又淺薄不堪，不足以令段子羽揚名立萬，盡殲寇讎，於是甘冒奇險，持段家傳世玉璽來到終南山活死人墓，以求楊過後人黃衫女楊瑤琴的父母，能將九陰真經傳授。
然而，楊家早有祖訓，九陰真經不許流入江湖，楊瑤琴的父母深感為難，本欲將段氏香火段子羽迎入活死人墓，然而歐陽九堅執不肯，執意要讓段子羽成名江湖，重振段氏昔日雄風。
楊瑤琴父母無奈之下，但又不能違背祖訓，於是故示古墓松疏，讓歐陽九將九陰真經盜去。
九陰真經本是頂級武學秘笈，此一種功夫便可令段子羽揚名江湖，加之歐陽九將自己尚未窺出門道的蛤蟆功傾囊相授，段子羽的武功更是陡然大進。
段子羽剛及弱冠，便迫不及待地踏入江湖，意欲重整大理段氏昔日榮光。
統管天下武林，領三山符策，貴為帝師的天師教教主張正常，本就是武學不世奇才，更是憑一套天雷劍法，名動江湖，已然成為了超級強者，當世高人。
張正常膝下一女張宇真，天姿穎異，艷絕天下。由於張宇真乃是張正常晚年所得，以至愛逾性命，從小便如明珠般托在掌中，百般寵愛，家中凡事也是依著她的性子所來，由此養成了張宇真古怪精靈的個性。
張宇真年方十八時，總覺家中煩悶，於是從家中偷跑出來，跑到西域遊玩。張宇真見明教光明頂守衛森嚴，心生好奇，遂潛入進去，竟將明教聖物聖火令盜了出來。
等到明教發覺之後，青翼蝠王韋一笑便帶著一干教中高手馬不停蹄，分路猛追，在星宿海的一座壁粉斑駁，破爛不堪的古廟終於將其追上。
就在張宇真左支右絀，敗象己呈之時，途徑此地的段子羽不明所以，以為明教在欺負弱小女子，遂出手相援。
九陰真經重現江湖，令韋一笑一時間神情大變，心中震駭。段子羽與韋一笑對攻二十餘招不露敗象，已令旁觀諸人匪夷所思。
然而段子羽終因臨場經驗欠缺，五十招後，如此—良材美質就要命喪韋一笑掌下，旁觀諸人都不禁扼腕嘆息之時，與明教敵愾同讎，已濟身絕頂高年之列的峨眉派掌門百劫師太突然現身喝止。
百劫師太得知段子羽乃段氏後人，一見如故，傾力相救，更是不顧強敵當前，打通了段子羽的任督二脈。段子羽死裡逃生，總覺此乃夢幻一場，受此天大恩惠，撲通跪倒，欲要拜百劫師太為師。
百劫師太俗名郭詩韻，乃桃花島武學傳人。當初襄陽城破，郭靖黃蓉夫婦以身殉國，其子郭破虜幸而突出重圍，返居東海桃花島，而延續桃花島武學一脈，遞相而傳至郭詩韻。
郭詩韻自小冰雪聰明，與當年黃蓉性子頗為相似，父母疼愛之至，視之如掌上明珠，郭黃兩家武學技藝自是傾囊而授。
郭詩韻十七八時，耐不住島上寂寞，時而江湖行走，卻也格守祖訓，絕不外露自己身份。
一日，郭詩韻因天師教祈雨解旱結識了英俊瀟洒的天師教少教主張宇初。郭詩韻見其禮數周到，言語雅遜，以至暗生情愫。
而張宇初見郭詩韻便鍾情之至，便要父親張正常到桃花島上求親。然郭詩韻父母隱居桃花島已久，素不與外人交接，更不願攀結權貴，遂替女兒做主，婉言辭去了此樁婚事。
張正常貴為帝師，不想自己此種名頭竟會碰了釘子，一怒之下離開了桃花島。又過一年，郭詩韻行走江湖，不慎受傷，機緣巧合之下居然被張宇初所救，並將其治癒。二人不由得情苗茁長，互道心中之情，並定下了三生之盟，只待向各自父母稟明。
不想郭詩韻外出期間，郭詩韻父母身罹怪疾，已然雙雙病歿。郭詩韻痛哭幾月後，打點行裝，去天師府尋張宇初。
哪知郭詩韻到了天師府，張宇初已在父親的逼迫之下，與一大儒的女兒成親多日。郭詩韻雙禍臨頭，渾無生趣，不由得百念俱灰，於是投到峨嵋門下，落髮為尼。因郭詩韻在俗之時武功已然不凡，悟性更高，峨眉派便推她為掌門，法號「百劫」
如今，段子羽欲要加入峨眉，百劫師太深知峨嵋派有不收男弟子的祖規，更怕江湖中人造出謠言，於是婉言相拒，但見段子羽神色大失所望，百劫師太心中不忍，於是將桃花島傳世武學彈指神通與蘭花拂穴手傾囊相授。
韋一笑見段子羽有百劫師太助陣，加之張宇真虛言，聖火令已被范遙和殷野王半途截下，私藏起來，也就不再追究。
哪知韋一笑與百劫師太相繼離開，范遙和殷野王竟隨後趕到。范遙和殷野王自是不信張宇真妄言，遂與之大打出手。段子羽自然不會袖手旁觀，全力而發，以助張宇真一臂之力。
二人終究年少，不敵之時，幸得張正常及時趕到，從殷野王拳下救出二人。范遙和殷野王自知鬥不過天師教，徒逞一時血氣之勇，非但於事無補，而且會喪命於此，更況且二人早就懷疑韋一笑有覬覦明教教主大位之心，私藏了聖火令，於是冠冕堂皇的以此過節日會再算為名，悄然離去。
張正常武功高絕，也極其自負，生平更是少有人與之交手，現見女兒傷勢不重，歡喜逾恆，更不願輕啟殺戒，連累了自己的修行，是以任由范遙和殷野離去。
張正常知道張宇真自幼被其嬌寵過度，不服眾人管教，今見女兒在段子羽面前服服帖帖，加之因昔日逼婚張宇初，以至一對璧人勞燕分飛，心存悔意，於是向段子羽提出附婚之意，將張宇真許配於他。
段子羽喜極而泣，唯恐辱沒了張宇真，於是將大理傳國玉璽拿出，作為聘禮，獻給張正常。次日，張正常大集家人，為段子羽和張宇真行文定之禮。
張正常情知按照段子羽此時的年歲，武功已殊屬難能可貴，亦乏對手，於是將毫不遜色於九陰真經的獨孤九劍劍譜送給段子羽，讓其參詳悟性。
原來當年，獨孤求敗自負劍術天下無敵，素聞張正常祖上的天雷劍法舉世無雙，於是欲與張正常先祖一戰。可是當時的張正常的先祖正在潛心丹道，不肯爭此俗名，於是避而不戰。
獨孤求敗好勝心切，於是將獨孤九劍劍法錄下，送至天師府，逼使張正常先祖認負。張正常的先祖留下劍譜，隱入深山，專意練丹，獨孤求敗遍覓不著，只得怏怏而返，埋劍歸隱，退出江湖。
段子羽已有婚約，自是要與未婚妻前去祭拜段氏祖墓。就在段子羽攜張宇真於崑崙山腳父母之墓上洒掃拜祭之時，忽聞周圍步履雜沓，轉瞬，幾十位僧人，環伺而立。
原來大理國滅國之時，對大理段氏數代忠耿如一的四大家臣及護國之寺的天龍寺僧人毀家紓難，護幼主逃出，流落至西域。
段氏雖然亡國，孝義帝段興智雖然身亡，四大家臣及天龍寺僧人仍對段家執君臣之禮，竭盡股肱之力。四大家臣更是不惜遠赴西域，創建朱武連環莊，以期守護段家亡靈。
而天龍寺僧眾則在墓旁結廬而居，一邊為段家日日守墓，一邊等待段氏後人，欲將大理段家絕學一陽指和六脈神劍傳與後人。
待到段子羽出示大理傳國玉璽，一眾僧人叩首哽泣，老淚橫流，嗚咽出聲，終於了卻了一番心愿。
此時的段子羽已集九陰真經、獨孤九劍、一陽指、六脈神劍等六七種曠世武學為一身，內力雄厚，劍法精妙、招式繁多，世間已是少有，所稍遜者惟在臨敵經驗，功力火侯上罷了，即便所差亦是微乎其微，只是旁人見他年輕，不意其藝業已精至如此。
段子羽得知朱武連環莊乃四大家臣後人所建，想到自段氏龍興大理以後，四大家臣便鞍前馬後，效犬馬之勞，遂決定攜張宇真雙雙前往朱武連環莊，以謝多年來守護段家亡靈之恩。
豈料號稱"雪嶺雙姝"之一的武青嬰與其丈夫朱武連環莊莊主衛壁，早已被汝陽王世子王保保所收買，投靠其以供驅策。
當初，王保保眼見蒙元大勢已去，回天無力，卻又不甘被逐回大漠，便留居中原，存下臥薪嘗膽之心，於是開始招兵買馬，糾結天下豪傑，以圖東山再起。
武青嬰夫婦眼見段子羽持有大理傳國玉璽，心中大喜，如若奪得玉璽，以段氏之名，登高一呼，與北方的王保保遙相呼應，師出有名，南北夾擊，共舉義旗，霸業豈非指日可待。
崑崙山景物壯麗，雲生霧涌，令人目眩神迷。當武青嬰夫婦陪段子羽二人閱視莊中之時，待到一萬丈深淵之處，段子羽正全神望著谷底，豈料武青嬰左手一推，右手從他懷中摸去。段子羽登覺不妙，左手撥開，右手一把抱住張宇真。
段子羽早己內功精進，即使猝遭大變，心神也是不亂，早已覷准一棵崖壁突出的一顆大樹，伸足一踏，藉此彈力，躍到一平台之處。
這平台居然有一洞穴，直透彼端之處別有洞天，竟是一方圓數里的荒谷，放眼眺望，四周高山環繞，壁立千仞，谷中芳草柔軟，清幽花香，實乃人間仙境。
二人以鮮果為食，山泉止渴，反覺這谷中時光較外面的血腥世界不知強盛多少，更覺這谷中天地實不輸神仙福地，「只羨鴛鴦不羨仙」的真諦也不過如此。
這日，兩人偶然從厚厚苔蘚下的光滑石壁上看到「張無忌埋經處」六個石刻大字，不禁大出意外。
段子羽挖開石壁，從三尺多深的洞穴中取出了油布所包的九陽真經，並依著書上蠅頭小楷開始研習。
九陰九陽兩大神功本是世上武學之兩大極端，一個至陰至柔，一個至剛至陽，猶若冰與火一般，單練一項神功，便可立躋一流高手之列。
段子羽因練九陰真經，內力已經甚強，本就無需再練別的內功，不想誤練九陰神經的對頭九陽真經，實乃是踏上了一條死亡之路。
段子羽體內新修的九陽神功，與原有的九陰真經交相抵撞，相鬥之下，糾纏固結於五髒六腑，七經八脈之中，九陰驅不盡九陽，九陽也化不了九陽，以至膠結在一起形成了成不治之痼疾。
段子羽自負武學見識豐贍，但如今貪功冒進，一時疏虞，想不到墜入深谷僥倖未死，卻死在人人渴求而得不到的九陽真經之下，不禁長嘆連連。
段子羽茫然枯坐，將九陰九陽又從頭至尾理了幾遍，凝運心神，凈掃靈台，忽然靈光一現，化解九陰九陽實際也非難事，便是夫婦雙修此功。
張宇真初聽此法，也是面紅過耳，然而自己與段子羽已然有婚約在身，遲早將會為他人婦，也就低頭應允。
兩人四手交握，陡然間感到對方的內力如江河湖海般在體內衝激盤旋，洶湧絕倫，隱隱間可聽到身體中內力奔騰的聲音，猶如干軍萬馬驟然啟動，橫衝直撞，不可行勒。
其實雙修也是「情功」，取意「情發乎中」而已。情動則心動，心動則氣動，心意所向，氣則赴之，雙修雙練，水火交融而自成世界。
良久，段子羽與張宇真二人體內真氣歸元，均感身心舒泰，內力不僅更進一層，感激之情也充塞胸臆。兩人仔細思付，均感匪夷所思，不禁想起「身無彩翼雙飛燕，心有靈犀一點通」的詩句，原竟是武學練功的最高境界。
段子羽本就是不世武學奇才，今將九陰、九陽兩大神功融為一體，內力雄渾剛猛已是前無古人，後無來者，憑此已然足可以傲視當代，脾瞪群雄。