其實遜尼派和什葉派都是伊斯蘭教，在一開始的時候是一家不分彼此，主要是對先知穆罕默德的繼承人選上分歧很大不可調和，如同中國歷史上的北魏分裂為東魏和西魏一樣，互相斥對方為偽朝，認為自己才是正統。
那麼，具體是怎麼一回事呢？首先，我們有必要先介紹下伊斯蘭教的起源。
伊斯蘭教的起源
伊斯蘭教是公元7世紀初，由阿拉伯半島麥加人穆罕默德所創立的一個「神教」。當時，阿拉伯半島社會正處於解體過程中，要求產生統一的國家。由於穆罕默德曾隨商隊到過巴勒斯坦、敘利亞等地經商，對基督教、猶太教等有過接觸和了解。所以，在當時的社會條件下，他結合過去宗教的一些教義而形成伊斯蘭教。
伊斯蘭教信仰真主「安拉」，而穆罕默德則是安拉的使者和先知，是到人間來傳達安拉的旨意以教育人類的，其基本教義為五大信仰，信安拉、信天使、信經典、信使者、信末日。教徒的宗教職責為「五功」，即念、拜、課、齋、朝功。
緣何分裂成遜尼派和什葉派。
這兩個教派的分裂源於7世紀初期，穆罕默德去世前，曾經兩次稱呼女婿阿里為「mawla」，mawla在阿拉伯語中有多種意思，有領導者、朋友、主、幫助者等等，於是在穆罕默德逝世後，阿里的支持者覺得應該由阿里來繼承穆罕默德之位，由此爆發了激烈的爭論，但此時還沒有徹底撕破臉皮，阿里最終也沒有順利繼任。
之後伊斯蘭教就進入了四大「哈里發」時期，哈里發為阿拉伯文音譯，意為真主使者的繼承人或者代理人。這四位哈里發分別是伯克爾、歐麥爾、鄂圖曼和阿里（阿里在第四次才當上），他們無一例外都是穆罕默德的聖門弟子，是被伊斯蘭信眾廣泛接納的，所以被統稱為「正統哈里發」
第四任哈里發阿里，前文提到他是穆罕默德的堂弟和女婿，被推選為哈里發之後就遭到了敘利亞總督穆阿維亞家族等勢力的反對，穆阿維亞既不是先知穆罕默德的親屬，也不是穆罕默德的聖門弟子，不僅如此穆阿維亞的父親還是參與迫害過先知穆罕默德的人，當年正是他們這群麥加貴族的迫害才逼迫穆罕默德出走麥地那，所以很多信徒對穆阿維亞家族是非常敵視的。
穆阿維亞後來發動內戰，間接地殺害了第四任哈里發「阿里」，並建立了倭馬亞王朝。而這也是伊斯蘭教的一個分界點，阿里的擁護者堅決不承認穆阿維亞哈里發繼任者的身份，認為哈里發應該從先知女婿阿里的後代中選出，這部分人就被稱之為「什葉派」，這一派只承認先知穆罕默德、阿里及其後人是伊斯蘭世界合法的哈里發。
另一派被稱為「遜尼派」，他們不僅承認先知穆罕默德和第四任哈里發阿里的正統性，同時也承認其他三大哈里發都是合法繼任者，因此獲得歷代哈里發國家的扶植而廣泛流傳，也正因如此遜尼派的信眾占據伊斯蘭教信眾總人口數的85%。
所以「什葉派」和「遜尼派」主要的爭論焦點就在於正統性上，也就是以第四任哈里發「阿里」作為一個分界線，伊斯蘭教逐漸分裂為「什葉派」和「遜尼派」兩大分支。
為什麼什葉派主要分布在伊朗。
從上面伊斯蘭教的分布圖上我們可以看到，什葉派主要分布在伊朗，這又是什麼原因呢？其實也牽扯到複雜的民族關係，伊朗的祖上波斯曾經創造了輝煌的波斯文明，後來被阿拉伯帝國征服，阿拉伯人一直嘗試讓波斯人皈依伊斯蘭教，為了避免被阿拉伯人文化入侵，基於現實需求（皈依伊斯蘭教可以得到很多現實利益），波斯人於是選擇信仰被阿拉伯帝國（遜尼派）瘋狂打壓的什葉派，於是什葉派在伊朗生根發芽。
兩派還有什麼區別。
兩派除了正統之外的區別外，還存在證言內容、領袖身份理解、救世主信念、祈禱方式和法學統派上的區別。
祈禱是伊斯蘭教最重要的禮拜之一，也是每個穆斯林每天必須履行的義務之一。遜尼派和什葉派在祈禱的方式上也有一些細微的差別。
1：遜尼派在祈禱時會把雙手放在胸前，而什葉派則會把雙手放在兩邊。
2：遜尼派在祈禱時會用一塊小石頭或者木頭作為額頭觸地的墊子，而什葉派則會用一塊泥土或者陶瓷作為墊子，以表示他們與穆罕默德和阿里的親密關係。
3：遜尼派和什葉派在祈禱的次數上也有不同，遜尼派每天五次，而什葉派可以把中午和下午的兩次合併為一次，以及把晚上和夜間的兩次合併為一次，從而每天只需三次。
寫在最後
總的來說，遜尼派和什葉派最大的區別在於「正統」的區分上面，以及因為「正統」之分而產生的細節差異。但歸根結底，其實就是利益分歧，宗教只是一種工具罷了。