首先在行政級別上，兩個崗位不分伯仲。杭州是浙江的省會，南京是江蘇的省會，兩個城市都是我國15個副省級城市之一。按照副省級城市的行政配置，四家班子主要領導都是副部級幹部，由中央任免。其中，市委書記一般都由省委常委兼任，部分時段可能會有由省委副書記兼任的情況，兩個崗位相互間的交流屬於平級調動，沒有本質區別。
既然行政級別沒有差距，接下來要比較兩個崗位的優劣高下只能從兩個方面著手：
一是經濟體量。經濟體量越大，越發達，意味著市委書記掌握的財政資源越多，對於工作的推動越有利，越容易做出成績為仕途鋪路。2022年，杭州的地區生產總值18753億元，在15座副省級城市中排名第五，財政收入2451億元，在副省級城市中排名第二，居全國第四；南京地區生產總值16907億元，在副省級城市中排第六，財政收入1558億元，在副省級城市中排第六。兩個城市gdp差距不大，但財政收入差距接近1000億元，杭州市委書記在推進工作中的底氣因此會比南京市委書記更足。
除了經濟體量，事實上杭州的人口規模也比南京大。公開數據顯示，截止到2021年底，杭州的總人口為1237萬人，而南京只有942萬人，杭州差不多比南京要多出一個中等規模的城市人口。人多意味著事多，領導需要管的面更寬更廣，崗位的價值越大。單從經濟和人口等方面考慮，杭州市委書記已然隱隱壓南京市委書記一頭，與南京市委書記拉開了差距。
二是發展前景。作為兩座發達地區的省會城市，又同是副省級城市，不可否認兩座城市的主要領導都有較好的發展前景。以市委書記為例，近十年來，杭州經歷了5任市委書記，有三位走上了正部級以上崗位，其中1位現任中央政治局委員，為副國級；1位為省委書記，正部；1位是直轄市市長，也是正部。走上正部及以上崗位的占比超過60%。南京同樣也經歷了5任市委書記，目前只有兩位走上正部級以上崗位，其中1位現任國務委員，為副國級；1位為省政協主席，正部級。走上正部及以上崗位的占比為40%。無論提拔崗位的數量還是質量，南京市委書記的成色都不如杭州市委書記。
綜上，從現階段看南京市委書記和杭州市委書記比，崗位的含金量是處於下風的。不過此一時彼一時，兩個崗位都是同等量級的，世易時移未來南京市委書記是否反過來會壓杭州市委書記一頭猶未可知。